傅斯年向来重视图书文献建设，对书籍的采购、收集和保管有很严格的要求，因此，中央史语所保存了大量珍贵图书资料。
到达昆明后，用了三个半月时间将已转运到重庆的图书打包邮寄到所中，共计8811包，特别珍贵或大本不便邮寄的部分装为71箱，由长途汽车运到昆明，加上之前携带来的，总共有13万册中西文图书。
开始是在与靛花巷仅一条马路之隔的竹安巷，租下一处宽敞幽静的四合院，拟作研究室和图书馆。
邮包尚未收全，敌机轰炸昆明，这些图书也就随所再迁龙泉镇。先是将图书集中在响应寺，后来在弥陀殿设中文书库，在观音殿设善本书库，而响应寺则为西文书库。
这是当时大后方惟一的最完备的文史图书馆，不仅保存了国粹，而且还充分开发利用了这批文献资源。
深知书对于学人的重要，中央史语所的图书资料，在供本所使用的同时，昆明的大专院校、学术团体及学人多可借阅。
史语所与西南联大订立了《图书阅览及借用办法》。联大文学院和法商学院在蒙自时，史语所还派人送书到蒙自。
在昆明城中，可通过靛花巷的办事处办理外借手续。
为方便阅书留宿者，傅斯年还函告梅贻琦：“贵校教员如有来此看书而留住者，如同时人数不过四人，可在本所办公室中临时安排铺板，差足舒适；其饭食一事，除有友人在此可以设法者外，亦可在敝所同人的公厨搭用伙食，并无不便，仅铺盖、盥器须自备。”
为读者提供方便，傅斯年想得够周到了。
史语所的学者们原以为可以在龙泉镇多住些时日，傅斯年、梁思永、李济、董作宾等都已经在这里建盖了新房。
1940年春，傅斯年为庆贺董作宾新居落成专门用篆书题写“平庐”横幅相赠。后来，董作宾甲骨文书法时常用“平庐老人”印章，在台湾的居所仍以“平庐”名之，以纪念这段难忘的日子。
朱家骅继蔡元培之后出任中央研究院院长，自然请傅斯年担任中央研究院总干事。傅斯年从来都是个重情重义之人，朱家骅对他有知遇之恩，两个人也是多年合作共事的老朋友。朱家骅提出此议后，傅斯年慨然应允。这样一来，他的代理总干事的代理两字便去掉了。
1940年夏天，日军占领越南，轰炸更加频繁，昆明也变得紧张起来。日军对重庆、昆明等西南各省主要城市进行持续轰炸。同济的一名學生，在日本人的一次空袭中被炸死。
同济大学的建校计划立刻停止，打算往四川迁移。在昆明龙泉镇的史语所、社会所等学术单位也都酝酿再次迁徙。
傅斯年决定，要为历史语言研究所选一个在地图上找不到的地方作为新所址。于是他派芮逸夫到四川寻找这样的地方，最终选定了南溪县李庄镇。所以选中这个地方，一个因素是其地理位置远离城市，符合傅斯年的先决条件，另一个原因是这里有很多庙宇，适宜安置图书资料和人员的居所。
史语所保管的1132箱考古文物和文献价值连城，但庞杂而沉重，特别是那些“国宝”甲骨，怎样才能确保安全，这是史语所同仁所面临的头痛问题。来昆明的路上，文物文献在李济、董作宾、李方桂等的“押运”下，一路颠簸，专家们担惊受怕，生怕“国宝”有什么散失。来到昆明，史语所的大师们一方面在日机的轰炸声中，蜗居于简陋的办公场所坚持学术考证和研究，但如何安全地保存那些贵重沉重的殷墟文物，也颇让学术大师们费尽思量。
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