在昆明期间，李约瑟还访问了清华无线电研究所、中央研究院植物研究所、北平研究所物理和化学所、教育部药物研究所、国立中央防疫处等单位。这些研究机构分散于昆明郊外，李约瑟骑着自行车四处奔走，参观、演讲、座谈。
他看到了平日里连想都很难想到的事；
药学研究所实验室设在乡村古老的佛教庙宇里，巨大的观音像下面安放着印刷科学简报的机器。
中央机器厂藏在云南的一座山谷里，重要的机器和一些精密仪器安装在一个人工开凿的大山洞里。
费孝通的人类学研究所设在一座宝塔里，一楼是厨房和餐室，楼上是图书馆和工作室，顶楼供奉着文神。
吴大猷、华罗庚、闻一多等著名学者，会在一个个偏僻的村庄里出现……
这些能干的中国科学家，能想出千奇百怪的办法解决一个又一个的难题。然而，有些困难他们是没有办法解决的。比如，科研机构几乎与外部世界完全隔绝的条件下，化学实验室常常因缺乏化学试剂导致研究受阻。好不容易完成了独具创见的科学论文，国内战火纷飞无处发表，寄往国外又会遭遇层层检查。所有的科研机构都有一个大难题，大学和科研技术人员的工资实在是低得可怜。
在昆明的所见所闻，让李约瑟清楚地意识到，自己“在人道主义方面没有多少可做的事，而在科学技术方面则大有可为——给在当时难以想象的困难条件下勉力进行工作的中国科学家、工程师和医务人员以切实的帮助。”
3月21日，李约瑟乘坐飞机从昆明飞抵国民政府的陪都重庆。他随即向英国政府建议，在重庆设立一个为中国科学技术界服务的机构“中英科学合作馆”，拟定该馆的工作包括加强中外科学界的联系、向中国科学界供应科学物资、介绍或推荐中国科学家撰写的论文在国外发表、为中国科技机构提供科技咨询、协助中国科学家和学者赴英交流等。
在英国驻华大使西摩的支持下，1943年6月，英国方面批准了李约瑟的建议，中英科学合作馆在重庆正式成立。
在随后三年里，合作馆的成员除了李约瑟外，逐渐增加了16名中外学者；其中包括他的夫人李大斐和中国学生鲁桂珍。
1943年6月4日，一只晃悠悠的小船沿着长江顺流而下，载着李约瑟和他的助手黄兴宗一行来到了李庄。
李庄码头上，同济大学的几位教授在迎接李约瑟的到来。同济大学设在李庄的禹王庙内，得知大禹的故事后，李约瑟把大禹称为中国历史上第一位“水利工程师”。
在禹王庙，中德合办的同济大学师生人人都讲德语，李约瑟入乡随俗，用德语作了四次演讲，他讲了英美的大学与学生，讲了水利工程，当然也讲了他早在英国就萌发的疑问——近代科学为何没能在中国发展。
李约瑟见到了“第一流的试验胚胎学家”童第周。早在十多年前童第周留学比利时时，两人就相识，再次见面，两个旧友用流利的法语长谈了一番。
童第周在同济大学的研究条件相当艰苦，菜油灯不够亮，做试验只能利用太阳光或下雪天反射的光线。没有仪器，童第周自掏腰包，花了夫妇俩人两年的工资，从旧货商店买来一架双筒显微镜。为了做胚胎试验，他还卷着裤腿到池塘里捕捉青蛙、收集蛙卵作为试验用品。
即便如此，童第周夫妇还是完成了多篇高水平的论文，这些论文后来被中英科学合作馆交由西方科学杂志发表。
李约瑟参观了他简陋的试验室后感叹：“难道你就是在这片空地上完成那样难度的试验吗？真是奇迹！在这样艰苦的条件下，写出那样高水平的科学论文，简直不可思议。”
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